Il suo matrimonio con Claudio Amendola è finito nel 2022. Finito dopo 25 anni e un figlio, Rocco. «Non ho mai parlato del mio matrimonio, figurati se parlo della fine del mio matrimonio». Francesca Neri ospite del programma I Lunatici di Rai Radio 2, ha raccontato però il suo stato d’animo: «Sto molto bene. Soprattutto sto vivendo finalmente la mia vita, la sto vivendo finalmente nella verità e nella libertà».
Uno stato d'animo sincero come descrive il settimanale Chi, che ricorda anche quando aveva deciso di parlare della sua malattia, in un libro: «Una cistite interstiziale cronica che, nella sua fase più acuta, le ha causato tre anni di dolori fortemente invalidanti, sofferenza, rinuncia al lavoro e pensieri negativi, e con cui ora è riuscita a stabilire una convivenza equilibrata».
Francesca Neri e Claudio Amendola, l'attrice dopo la separazione: «Ora vivo nella verità»